教育部人文社会科学重点研究基地
清华大学现代管理研究中心
清华大学技术创新研究中心
清华大学高校德育研究中心
清华大学出土文献与中国古代文明研究中心
教育部战略研究基地
清华大学科技教育发展战略研究中心
教育部教育战略与规划研究中心
教育部-清华大学教育战略决策与国家规划研究中心
环保部重点实验室
国家环境保护微生物利用与安全控制重点实验室
国家环境保护生态工业重点实验室#
环保部工程技术中心
国家环境保护技术管理与评估工程技术中心
国家体育总局体育社会科学重点研究基地
清华大学国家体育总局体育社会科学重点研究基地
国家安全生产技术支撑体系专业中心实验室
国家安全技术支撑体系国家级中心关键储备设施火灾安全与应急技术基础研究实验室
国家文物局重点科研基地
空间信息技术在文化遗产保护中的应用研究国家文物局重点科研基地（清华大学）
国家中医药管理局中医药科研三级实验室
中药化学实验室
文化部国家文化产业研究中心
国家文化产业研究中心